Od 1898 r. Towarzystwo Miłośników Historii i Zabytków Krakowa wydaje "Rocznik Krakowski" - organ poświęcony dziejom kultury miasta, wydawnictwo zajmujące się całością dziejów Krakowa, jego instytucjami i zabytkami. Pierwszy tom Rocznika Krakowskiego ukazał się w 1898 r., a jego redaktorem został Stanisław Krzyżanowski, który intensywnie zabiegał u krakowskich historyków o rozprawy i artykuły.
W tomie I swoje rozprawy opublikowali m.in. Franciszek Piekosiński o sali gotyckiej kamienicy hetmańskiej, Władysław Łuszczkiewicz o starych cmentarzach krakowskich, Stanisław Kutrzeba o piwie w Krakowie, Leonard Lepszy o cechu złotniczym czy Stanisław Wyspiański o dawnej polichromii kościoła św. Krzyża.
Tematyka rozpraw zamieszczanych w "Roczniku" jest zróżnicowana, obejmuje problematykę związaną z różnymi dziedzinami historii i życia Krakowa. Wiele napisano o dziejach Krakowa i wydarzeniach historycznych, o historii Kościoła. Rozprawy zajmują się dziejami zabytków architektury różnych rodzajów, epok i stylów, a oparte są na materiałach źródłowych.
Wiele artykułów zajmuje się Wawelem i Uniwersytetem Jagiellońskim. Opisują m.in. dzieje rzemiosła, przemysłu i techniki, handlu i organizacji cechowych, mieszczaństwo i rody krakowskie, aktywność polityczną i kulturalną miasta. Poświęcone są topografii najstarszego Krakowa, problematyce heraldyki i sfragistyki miejskiej. Przedstawiają dzieje sztuki Krakowa (malarstwo, rzeźbę, rzemiosło artystyczne oraz teatr i muzykę), a także obyczaje i tradycje krakowskie. Zajmują się archeologią, urbanistyką, ochroną i konserwacją zabytków. Prezentują dzieje poszczególnych dzielnic miasta. Poświęcone są znanym postaciom krakowskim. Mówią o przewodnikach po Krakowie, a także przedstawiają bibliografię miasta.
Autorami opracowań byli i są znakomici historycy, historycy sztuki, archeolodzy, badacze. Wszystkich nie sposób wymienić. Wspomnieć należy tylko Franciszka Piekosińskiego, Władysława Łuszczkiewicza, Jana Sas Zubrzyckiego, Józefa Muczkowskiego, Feliksa Koperę, Franciszka Kleina, Władysława Tomkowicza, Adolfa Szyszko-Bohusza, Stanisława Kutrzebę, Jana Ptaśnika, Leonarda Lepszego, Stanisława Krzyżanowskiego, Józefa Wawel Louisa, Edmunda Długopolskiego, Leona Rymara, Karola Potkańskiego, Klemensa Bąkowskiego, Adama Chmiela, Karola Estreichera, Juliana Pagaczewskiego, Mieczysława Skrudlika, Stanisława Zachorskiego, Kazimierę Furmankiewiczównę, Franciszka Gawełka, Jana Małeckiego, Jacka Purchlę, Waldemara Komorowskiego, Adama Małkiewicza, Andrzeja Fischingera, Jerzego Banacha, Bożenę Wyrozumską, Jerzego Wyrozumskiego, Andrzeja Pelczara, Juliana Dybca, Danutę Rederową, Marię Polaczkównę, Andrzeja Żakiego, Ryszarda Kotewicza, Janinę Bieniarzównę, Adama Przybosia, Mariana Plezię, Zdzisława Żygulskiego, Marię Kocójową, Franciszka Ziejkę, Wiesława Bieńkowskiego, Janusza Bogdanowskiego, Krystynę Pieradzką, Bogusława Krasnowolskiego.
W ramach "Rocznika Krakowskiego" od 1898 do 2014 r., w 80. tomach, opublikowano bez mała 900 rozpraw i artykułów, liczne nekrologi wspominające wybitnych członków Towarzystwa, coroczne sprawozdania z działalności Towarzystwa.
W 2012 r. Rocznik Krakowski został wpisany do wykazu czasopism naukowych prowadzonego przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego (część B, nr 1285, przyznano 1 punkt). W 2013 r. Rocznikowi Krakowskiemu przyznano 3 punkty (część B, nr 1915), potwierdzone w 2014 r. (część B, nr 1889). Natomiast w 2015 roku Rocznik Krakowski otrzymał już punktów 8 (część B, nr 1537).
Zdigitalizowane tomy Rocznika umieszczane są na platformie Małopolskiej Biblioteki Cyfrowej - dostępne są już tomy I-LVI, LXXVII-LXXVIII.
Do pobrania: